زمانی که سرگرد موکوتو کوساناگی ناپدید میشود، بخش 9 به باتو وظیفه تحقیق در مورد یک سری قتلهای وحشتناک را که به نظر میرسد کار ژینوئیدهای فاسد یا روباتهای جنسی است را به باتو محول میکند. اما هنگامی که یک ژنوئید خراب پیامی رمزگذاری شده برای باتو می گذارد، دلیل عملکرد نادرست آن را زیر سوال می برد. سوء ظن در مورد انگیزه های سیاسی قتل ها و کشف یک روح غیرقانونی، باتو و شریکش توگوسا را وارد شبکه ای از توطئه ها می کند. در طول تحقیقات او، مرز بین انسان و ماشین به طور فزاینده ای ضعیف می شود و واقعیت و خیال غیر قابل تشخیص می شوند. این دو با دشمنان عجیب و خطرناکی روبرو می شوند و در عین حال دنیای آینده پر از ماشین ها و عروسک های زنده اما خالی از انسانیت را جستجو می کنند.