داستان انیمیشن یک سال پس از اتفاقات سری انیمیشن رخ می دهد. پس از یک سفر طولانی در «خط جهان ها» به دلیل اختراعی به نام «دی میل»، پیامی که به گذشته ارسال می شود، «رینتارو اوکابه» به خط جهان های «استاین گیت» می رسد. جایی که هیچ یک از دوستان شما نمی میرند و آینده ای که توسط SERN اداره می شود وجود ندارد زیرا ماشین زمان اختراع نشده است. اما پس از مدتی عوارض سفر به دنیاهای مختلف دامنگیر رینتارو می شود. این عوارض خیلی زود باعث ناپدید شدن «رینتارو» می شود. تنها کسی که «رینتارو» را به یاد می آورد «ماکیسه کوریسو» است که با تلاش «رینتارو» از مرگ نجات یافت. او پس از دیدن عکس های "دژاوو" رینتارو را به یاد می آورد و اکنون کوریسو وظیفه دارد رینتارو را برگرداند.