بتمن نینجا یک ماجراجویی در طول زمان زندگی می کند. زمانی که ماشین سفر در زمان "گوریلا گرود" تعدادی از بدترین دشمنان بتمن را به همراه خود شوالیه تاریکی و برخی از متحدانش به ژاپن فئودال می فرستد. در این دوره، این جنایتکاران نقش رهبران ژاپن فئودالی را بر عهده می گیرند و بر سرزمینی تقسیم شده حکومت می کنند و جوکر نیز نقش رهبر بین جناح های متخاصم را بازی می کند. پس از جدا شدن شوالیه از تامین کننده تسلیحات و تجهیزات مدرن خود (روباه)، او باید برای رهایی این سرزمین از شر این جنایتکاران، تنها به خرد خود و متحدانش که در شمال Catwoman و خانواده Idol هستند تکیه کند. زمان، اکنون و شهر گاتهام بازگشته است.