شهروندان شهر آکادمی به 6 سطح طبقه بندی می شوند، از سطح 0 که قدرت ندارد تا سطح 5 که قدرت زیادی دارد. از میلیون ها ساکن شهر آکادمی، تنها 7 نفر به سطح 5 رسیده اند و بالاترین رتبه در میان آنها Accelerator نام دارد. پس از محافظت از آخرین نفر با تمام قدرت، Toaru Kagaku روی قوی ترین ها در سطح 5 تمرکز می کند. پس از بهبودی در بیمارستان، Accelerator زندگی آرامی را برای نجات جان استل روزنتال، دختری مرموز که عکس آخرین نفر را دارد، انجام می دهد. . متأسفانه، Accelerator خود را در نبرد با یک سازمان شیطانی به نام Enforcer Movement می بیند که در تلاش است آخرین مرد را برای یک ماموریت خطرناک به خدمت بگیرد. اکنون که آنها نقشه خود را به اجرا گذاشته اند و به دنبال دختر جوان هستند، این به قوی ترین شهروند جهان و همراهان جدیدش بستگی دارد که از دومی محافظت کنند و از شهر آکادمی دفاع کنند.