این انیمیشن تلاش دو نوجوان به نام های شیتا و پازو برای رسیدن به قلعه ای به نام لاپوتا را روایت می کند. قلعه ای که بازمانده سرزمینی معلق در آسمان است که مردم سال ها در آن با آرامش زندگی می کردند اما به دلیل پدیده ای ناشناخته مجبور به بازگشت به زمین می شوند. (البته خود شیتا در صحنه ای از فیلم می گوید: ساکنان اصلی لاپوتا به طمع و بخل برخی گمراهان برای رسیدن به قدرت بی نهایت لاپوتا آن محل را ترک کردند؛ چیزی که جایی برای دوستی و صمیمیت باقی نگذاشت. لاپوتا کانون توجه دو گروه دیگر است. راهزنانی که سال هاست به دنبال گنج به جا مانده از تمدن شکوفا مردم آن دیار بوده اند و فردی دولتی به نام مسکا که با به دست آوردن تکنولوژی پیشرفته و ربات های باقی مانده در این قلعه در تلاش برای بازگشت به زمین و ایجاد یک امپراتوری خودکامه است. . با سوء استفاده ارتش کلید جواهر لاپوتا گردنبندی بر گردن شیتا است، دختری که اجدادش در این شهر افسانه ای زندگی می کردند. پازو، پسری که پدرش سال ها پیش در یک سفر توانسته بود از لاپوتا عکس بگیرد و آرزوی رسیدن به او را دارد، برای محافظت از دختر وارد ماجرا می شود.